首都博物館于1953年開始籌備,1981年正式對外開放,原館址在全國重點文物保護單位——北京孔廟。作為北京市“十五”期間重點文化建設工程,首都博物館新館建設項目的立項申請,于1999年得到北京市委、市政府批準,2001年經發改委報國務院批準實施,2001年12月正式奠基興建。
首都博物館新館于2005年12月開始試運行,2006年5月18日正式開館。首都博物館以其宏大的建筑、豐富的展覽、先進的技術、完善的功能,成為一座與北京“歷史文化名城”、“文化中心” 和“國際化大都市”地位相稱的大型現代化博物館,并躋身于“國內一流,國際先進”的博物館行列。